防污染設計和消毒滅菌系統的主要因素是破壞細胞培養和生產設計不同的裝置來減少和防止污染的發生，主要是減少微生物的生長和表面區域可以生產，并結合自動凈化裝置，有效防止污染。

例如，鑒于二氧化碳培養箱在使用過程時伴隨著霉菌生長，為確保二氧化碳培養箱免受污染并且保證箱體內生物儀器的清潔，出現各種滅菌方法，如二氧化碳培養箱的紫外線消毒功能；和HEPA過濾器的設計與生產可以過濾空氣的火車里面。可以過濾掉0.3微米的顆粒物99.97%以上（郝壯品牌的二氧化碳培養箱）；此外，還設計讓炎熱和潮濕的環境，殺死微生物污染的孵化器，達到殺菌消毒的目的（如郝壯品牌二氧化碳培養箱）。

這些裝置對于細胞培養來說是必不可少，選擇何種清潔裝置，先，我們考慮的當然是各種方式的滅菌能力，紫外消毒能力是與紫外燈距離目標的距離的二次方成反比，距離越遠，消毒能力越差，所以紫外消毒方式有其局限性，難以達到徹底滅菌的要求;HEPA過濾器由于受到過濾膜孔徑的影響，無法去除病毒和一些微小細菌，也有其局限性;相比較而言，高溫消毒是目前比較有效消毒滅菌的方法，高溫消毒又分為兩類，一是傳統的高溫干熱消毒，另一種是的高溫濕熱滅菌。

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